[spoiler]Ведущий разработчик системы Wayland, работающий в компании Intel, совершенно резонно считает, что заинтересованные компании должны сосредоточить свои ресурсы над одним проектом. Тем более, что Mir и Wayland относятся друг к другу примерно так же, как Unity и GNOME 3.
Canonical, в свою очередь, опасается, что "апстрим" не сможет достаточно адекватно учитывать интересы пользователей. Что также нельзя не признать обоснованным — примеров тому предостаточно.
Получается, что правы обе стороны, но каждая по-своему. Один важнее инженерный концепт, другим — пользовательский продукт.
На первый взгляд, никаких серьёзных поводов для конфликта тут нет в принципе — одно другому явно не мешает. Однако, поводов нет, а конфликт есть. И пока непонятно, чем он закончится.