Группа компаний РСК объявила о двукратном увеличении производительности кластера, разработанного ее специалистами для лаборатории суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE (Intel supercomputer applications laboratory for advanced research) при Московском физико-техническом институте (МФТИ).

Пиковая производительность обновленной системы составила 83,14 Тфлопс (триллионов операций в секунду над числами с плавающей запятой). Для того чтобы понять, много это или мало, можно обратиться к статистике. В соответствии с последней (вышедшей в июне) редакцией рейтинга Top 500, самой производительной системой на сегодняшний день является американская “Секвойя” с 20,1 Пфлопс. Мощность кластера МФТИ в рейтинге ориентировочно соответствовала бы последнему десятку списка. (Это достаточно условная оценка, потому что ранжирование в Top 500 осуществляется по так называемой реальной производительности, полученной на тесте Linpack). С учетом динамики рейтинга, шансов попасть в следующую его редакцию (в ноябре) у кластера РСК практически нет.

В то же время на фоне инсталляций, осуществленных на территории России, обновленный суперкомпьютер из МФТИ выглядит весьма неплохо. В соответствии с последней локальной (для СНГ) версией Top 50, по пиковой производительности он оказался бы на 12 месте. (Лидер здесь — инсталляция “Т-Платформ” в МГУ им. Ломоносова на 1,7 Пфлопс.)

Как сообщают в РСК, контракт на текущее расширение суперкомпьютера был заключен между компанией “РСК Технологии” (входящей РСК) и МФТИ в июле, а введение кластера в строй состоится до конца текущего года.

Система будет состоять из двух вычислительных стоек, содержащих в сумме 224 вычислительных узла на базе двух процессоров нового поколения Intel Xeon E5-2690 каждый (всего 448 процессоров, 3584 ядра). Утверждается, что их использование стало возможным, благодаря применению жидкостного охлаждения, являющего основой архитектуры “РСК Торнадо”. При этом обеспечивается поддержка большого объема оперативной памяти на один узел — 64 Гб, что суммарно составляет 14,3 Тб ОЗУ для всей системы.

Уточняется, что с момента создания вычислительный кластер фактически уже прошел два этапа модернизации, при этом его производительность выросла более чем в 33 раза (со времени установки первой пилотной системы) при занимаемой площади менее чем 4 кв. м.

В РСК отмечают, что за время использования суперкомпьютера в I-SCALARE уже был достигнут целый ряд новых научных результатов. Например, исследовательская группа под руководством профессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН использует вычислительный кластер в МФТИ для исследования в области конструирования нового класса антимикробных соединений на основе природных лантибиотиков. В ходе развития данного проекта, проведения расчетов и моделирования получены микросекундные траектории молекулярной динамики (МД) мишени действия антибиотиков (молекулы липида-II) в мембране бактерий. Утверждается, что анализ полученных траекторий МД позволил установить характерные особенности строения бактериальной мембраны, а в перспективе подобные исследования могут привести к созданию нового класса антибиотиков, не подверженных появлению резистентности у бактерий.

Версия для печати (без изображений)