Лаборатория суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-SCALARE (Intel supercomputer applications laboratory for advanced research), созданная в рамках гранта Правительства России на базе Московского физико-технического института (МФТИ), подвела в середине октября итоги первого этапа своей работы.

Сообщается, что в 2010 г. сотрудник Intel Владимир Пентковский совместно с учеными МФТИ представил на конкурс, объявленный Минобрнауки в рамках выполнения постановления правительства России № 220, проект по исследованию и разработке программно-аппаратных архитектур, которые были бы максимально эффективны при решении сложных задач биоинформатики и фармакологии. Проект вошел в число 40 победителей (всего на конкурс было подано более 500 заявок) и получил грант в размере 150 млн. руб. на создание специализированной лаборатории.

В качестве “целевых” были выбраны несколько прикладных вычислительных задач, связанных с моделированием вирусов и клеточных мембран, а также взаимодействия с последними белков и внешних полей.

В рамках проекта группа компаний РСК разработала и установила пилотную систему, которая стала базисом вычислительного кластера лаборатории.

Суперкомпьютер МФТИ основан на архитектуре “РСК Торнадо”, впервые продемонстрированной РСК на выставке International Supercomputer Conference (ISC), прошедшей в Гамбурге в июне 2011 г. Это был главный экспонат стенда компании, хотя тогда у него еще даже не было названия. При этом в РСК сейчас отдельно подчеркивают, что у демо-образца тогда была мобильная система охлаждения.

Теперь создатели “РСК Торнадо” склонны именовать его первым в мире суперкомпьютерное решением с жидкостным охлаждением для массово доступных стандартных серверных плат на базе процессоров Intel Xeon, изначально создававшихся для традиционных систем с воздушным обдувом электронных компонент.

На текущий момент пилотная система в МФТИ обладает пиковой производительностью в 2,5 Тфлопс и состоит из 16 вычислительных узлов, каждый из которых содержит по два процессора Intel Xeon 5680 с тактовой частотой 3,33 ГГц. При этом в ней имеется 36 Гб оперативной памяти на один узел, система хранения данных емкостью 3 Тб, а коммуникационная сеть построена на базе высокоскоростного интерфейса Infiniband QDR.

Из важных особенностей системы ее создатели называют показатель эффективности использования электроэнергии (PUE) менее 1,2 (на охлаждение будет расходоваться не более 20% энергопотребления), а также производительность по Linpack на уровне 90% от пиковой.

Как уверяют в РСК, уже в этом году мощность кластера в МФТИ будет увеличена до 30 Тфлопс.

Также из общения с представителями компании можно было заключить, что в ближайшее время нас ожидает презентация в России еще одной системы на основе архитектуры “Торнадо”.

Версия для печати (без изображений)