Cray Linux Environment (CLE) стал Linux-дистрибутивом для высокопроизводительных систем, сертифицированным по стандарту Common Criteria. Он включает специализированные компоненты: сетевую файловую систему Lustre, скоростную систему доступа к памяти Remote и планировщик Alps. CLE 2.1 реализован для суперкомпьютеров Cray XT4 и XT5, насчитывающих сотни тысяч процессоров. Ранее он выпускался под именем Unicos/lc, но представляет собой не развитие ОС Unicos, а модифицированный дистрибутив Novell SuSE Linux.